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https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/sit-methods/

Datapaper describing dataverse collection on RMQS1 microbiological dataset (The French Soil Quality Monitoring Network). https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/dataverse/rmqs_microbio

L'application rflomics est un package R couplé à une interface shiny permettant la gestion, l'analyse et l'intégration statistique de plusieurs jeux et types de données -omics: RNAseq, proteomics et metabolomics (pour le moment).

Lien vers l'application : https://rflomics.sk8.inrae.fr

Rnem permet de simuler les dynamiques des interactions entre nématodes phytoparasites (nématodes à galles) et système racinaire des plantes. L'évolution de la virulence des nématodes face à des rotations de cultivars résistants et sensibles est une des applications principales.

Lien vers l'application : https://rnem.sk8.inrae.fr

https://sequences-rpg.sk8.inrae.fr

Supports pour la formation shiny - Plateforme de Biostatistique – Génopole Toulouse Midi-Pyrénées

This repository contains the refpop R scripts, for achieving reproducible data analysis and results, according to the FAIR principles

Solves kernel ridge regression within the the mixed model framework. All the estimated components and parameters, e.g. BLUP of dual variables and BLUP of random predictor effects for the linear kernel (also known as RR-BLUP), are available.

Kernelized HAplotype-based MIXed model association mapping (KHAMIX)