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Java library for metabolic networks

Server : https://shiny.migale.inrae.fr/app/easy16S | Doc : https://easy16s.migale.inrae.fr/

Pipeline used to tranfert gene annotation (GFF3) between different versions of assemblies.

Application de reporting / datavisualisation qui a pour objectif de fournir une série d’indicateurs visuels et synthétiques représentatifs des volumes d’interventions sur les postes de secours ayant pris part au projet SWYM pour la collecte numérique de données via ODK.

https://smgbl-pcdep.sk8.inrae.fr

Un outil d’aide à la décision (indicateurs, analyses des indicateurs) pour une meilleure gestion des risques associés aux ongulés sauvages, plus particulièrement les dégâts causés par les ongulés sauvages sur la régénération forestière. Collaboration avec l’OFB pour répondre à un besoin des gestionnaires et des décideurs, mais également en réponse à la fiche d’action 4.3 issue des assises de la forêt et du bois.

https://barometre-national-foret-gibier.sk8.inrae.fr

Link to running app: https://matrixapp.sk8.inrae.fr

MATRiX is a shiny application dedicated to Mining and Analysis of Transcriptomics data using common biostatistic result files (statistical test result table, normalised data table and samples-groups information). This application helps biologists to perform data exploration with PCA, Venn diagrams, StripCharts, volcanoplots, and Heatmap clustering of genes lists (selecting statistical thresholds) and functional enrichment analyses using a connection to enrichr. https://matrixapp.sk8.inrae.fr

SAMBA (R) est une interface pour analyser les résultats de sampling de réseaux métaboliques générés à partir de SAMBApy sous Python. Elle est composée d'une une partie comparaison (calcul de différence) et une partie visualisation graphique des résultats.

https://samba.sk8.inrae.fr/

shinySbm is a package containing a shiny application. This application is build for network analysis based on the sbm package made by Chiquet J, Donnet S and Barbillon P (2023) CRAN. It allow to apply and explore the outputs of a Stochastic Block Model. It is useful if you want to analyse your data (could be adjacency matrix or edges list) without R language knowledge or to learn the basic lines of the sbm package.

Harvest and index meta data from BrAPI endpoints for data access through the plant-faidare data lookup portal (https://github.com/elixir-europe/plant-faidare).

planemo 4 SIWAA

SATLAND is an application to detect and characterize hotspots of change. It is based on Python libraries (xarray, Bfast, rasterio for back-end, Streamlit for Front-End)

Exploration interactive de scenario de simulation du modèle MF1.2-1ha du projet Atcha.

https://mf-12-1-ha.sk8.inrae.fr/ | https://shiny.sk8.inrae.fr/app/atcha-mf-12-1-ha | https://shiny.sk8.inrae.fr/app_direct/atcha-mf-12-1-ha

Visualisation de données métagénomiques.

Scripts related with database development in stacomi.