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Replication repository for the article "A comprehensive review and benchmark of differential analysis tools for Hi-C data"

UTOPIA: an automatically UpdaTed, cOmPlete and consistent ITS reference dAtabase

Atelier développement d’une application interactive Shiny lors du hackathon inter-CATI omics 2020

X!TandemPipeline is a free software (GPL v3) that helps you to filter and group your peptide/protein identifications from MS/MS mass spectra.

Publication: J. Proteome Res. 2017, 16, 2, 494–503 -- https://doi.org/10.102

Site web pour une école thématique interdisciplinaire Inrae

jvenn is a plug-in for the jQuery Javascript library. It is a flexible tool, based upon the venny tool first developed by J.C Oliveros (Oliveros, J.C (2007) VENNY, An integrative tool for comparing lists with Venn Diagrams).

BioMa component of the phenology model in SiriusQuality2

GraphstatsR est une application permettant le l'analyses de données de quantification métabolomiques prétraitées (MS, RMN). Elle permet la génération d'analyse descriptive (ACP), de représentations graphiques type boxplot avec tests statistiques associées, cela avec une interactivité permettant à l'utilisateur d'ajuster au mieux les analyses. Cette application peut traiter des données issues d'autres méthodes à condition de fournir des fichiers d'entrée au bon format. https://graphstatsr.sk8.inrae.fr

A demo-genetic individual-based model for Atlantic salmon populations

The aim of this project is to provide an R package for big integer (and big rational) computations. This is achieved via an C++ interface to the GNU MP ("GMP") library, and S3 classes "bigz", "bigq", etc.

A suite of C++ programs developed for transposable element search and their annotation in large eukaryotic genome sequence. A part of the REPET package.

https://mahendra-mariadassou.pages.mia.inra.fr/jc2bim2024/

Le projet s'inscrit dans le cadre d'un stage de fin d'étude encadré par Marie-Lise BENOT, Maya GONZALES et Olivier LEPAIS du projet ECUME de BIOGECO INRAe. L'étude se porte sur la corrélation entre diversité génétique et diversité spécifique des communautés végétales dunaires le long du cordon dunaire atlantique (du Nord de la Gironde au Sud des Landes)

Présentation en ligne sur GitLab Pages

Code storage Area of the RECORD Project packages.

Moved to https://gitlab.cirad.fr/astre/guidelines/doc-references

RNAseq and EMseq analyses for the rosepigs project on stomach mucosa samples

OpenFLUID framework and applications