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F3MR is a R package that help to analyze food microbiome omics data based on dedicated and curated metabolic modules based on extensive literature review. It belongs to F3M software suite developed by INRAE Food Microbial Ecology lab

https://metatoul.pages.mia.inra.fr/graphstats

R-Toulouse website

Formation (supports de cours et TP) sur l'analyse statistique de données RNA-seq Formation proposée par la plateforme Genotoul-Bioinfo

R package to run MuSICA

Replication repository for the article "A comprehensive review and benchmark of differential analysis tools for Hi-C data"

mixKernel is a multiple kernel framework that allows to integrate multiple datasets of various types into a single analysis. The package is published on CRAN: https://cran.r-project.org/package=mixKernel

R scripts for the calibration of complex ecological model using the method called ABC-RF-SA, based on Approximate Bayesian Computation with Random Forest and Sensitivity Analysis.

Cette application permet l'exploration, l'interrogation, la visualisation et l’interprétation fonctionnelle d'un ensemble pre-processé de données épigénétiques (ATAC-seq) correspondant à la régulation temporelle des réseaux de transcription pendant la régénération des axones du système nerveux central chez le poisson zèbre.

https://rosetta.sk8.inrae.fr

Cette application permet aux utilisateurs de visualiser les caractéristiques physicochimiques de plus de 100 produits, ainsi que de comparer entre eux différents produits avec des boxplots.

https://eom-4-soil-visualisation-tool.sk8.inrae.fr/

Développement d’une petite application Shiny et déploiement de celle-ci avec sk8, animé par Amandine Velt (SVQV) et Joseph Tran (EGFV) [AG CATI BARIC La Rochelle, 26-28/03/2024]

slides: https://joseph.tran.pages.mia.inra.fr/quarto-shiny-sk8

tutoriel: https://forgemia.inra.fr/joseph.tran/shiny-tutorial

Learn how to build a shiny application

Développement d’une petite application Shiny et déploiement de celle-ci avec sk8, animé par Amandine Velt (SVQV) et Joseph Tran (EGFV) [AG CATI BARIC La Rochelle, 26-28/03/2024]

slides: https://baric.pages.mia.inra.fr/quarto-shiny-sk8

tutoriel: https://forgemia.inra.fr/baric/shiny-tutorial

Learn how to build a shiny application

R script to manipulate peptide quantification data

Creation and provisioning a virtual machine (Ubuntu/VirtualBox) containing The Littlest JupyerHub (TLJH)