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R package for recovering and preparing useful data for damage appraisal in a French context

EuGene Eukaryote Pipeline - Nextflow rewrite of the legacy pipeline

Site web de MIAT

PREVIEW : https://miat-com.pages-forge.inrae.fr/miat_website (Pour voir vos modifications après un commit, avant que ça ne soit validé)

ASSIGNEZ VOS MERGE REQUESTS à votre correspondant d'équipe/axe : @samuel.buchet (OpTeam), @leo.saulieres (DecA), @bcharlier (ASAP), @benjamin.linard (BioComp), @philippe.bordron (Genotoul) ou @rtrepos (RECORD)

L'application diaphen-app permet de visualiser les données des capteurs du plateau Diaphen aux personnes qui en ont besoin. Que ce soit pour du pilotage ou pour de la consultation. L'application permet également de transférer les données des expérimentations sur la plateforme PHIS.

https://diaphen-app.sk8.inrae.fr

GeneralDichotomy: a general multi-objective optimization package

A fork of GRNBoost2 arboreto from https://github.com/aertslab/arboreto.git at 11/03/2024. The idea here is to change the code to be able to extract the models and make goodness of fit with predicted expression.

FAIDARE: FAIR Data-finder for Agronomic Research

It provides web services (based on the BrAPI standard) and a web interface with easy to use filters to facilitates the access to plant datasets from a federation of sources.

SIDO (Système d’Information pour les Données Orphelines) est une application web qui permet de déposer les données récoltées par des sources de données orphelines, c'est-à-dire qui ne disposent pas de système d’information, dans une base de données dédiée. tickets

This repository contains the python code of the Marked-Release-Recapture simulator.

DeFIS is a pipeline for archeo-ichtyologists and biologists allowing the recognition of diadromous fishes with ancient DNA sample based metrics method (such as Kmers ratio and Jaccard index) between references sequences and the samples.

The goal of this package is to help users in using Capsis software and compile reports for field workshops. The workshop consist in predicting management effects on forest stand with Samsara2 model within Capsis platform.

http://martelosim.lessem.forge.inrae.fr/

metagWGS is a workflow dedicated to the analysis of metagenomic data. It allows assembly, taxonomic annotation, and functional annotation of predicted genes. Since release 2.3, binning step with the possibility of cross-alignment is included. It has been developed in collaboration with several CATI BIOS4biol agents. Funded by Antiselfish Project (Labex Ecofect), ExpoMicoPig project (France Futur elevage) and SeqOccIn project (CPER - Occitanie Toulouse / FEDER), ATB_Biofilm funded by PNREST Anses, France genomique (ANR-10-INBS-09-08) and Resalab Ouest.

Partie documentation d'AgroMetInfo.

Le portail de données phénologiques du réseau TEMPO permet la recherche et le téléchargement de données issues de différentes sources ouvertes ou soumises à autorisation.

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