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https://bios4biol.pages.mia.inra.fr/Help4MultiQC

ICEscreen detects and annotates ICEs (Integrative and Conjugative Elements) and IMEs (Integrative and Mobilizable Elements) in Firmicutes genomes.

Sylvaclim prototype app

Application de reporting / datavisualisation qui a pour objectif de fournir une série d’indicateurs visuels et synthétiques représentatifs des volumes d’interventions sur les postes de secours ayant pris part au projet SWYM pour la collecte numérique de données via ODK.

https://smgbl-pcdep.sk8.inrae.fr

Command line tool to compute volume of soil samples from images to estimate soil bulk density as in

Coulouma G, Feurer D, Vinatier F, Huttel O. Assessing new sensor-based volume measurement methods for high-throughput bulk density estimation in the field under various soil conditions. Eur J Soil Sci. 2021; 72: 2049–2061. https://doi.org/10.1111/ejss.13115

Scripts related with database development in stacomi.

the ontology to describe the interaction between organisms and cultivated plants

Présentation en ligne sur GitLab Pages inspiré par Formation INRAE PACA

STAC tools to simplify STAC use: local STAC creation, filter and process STAC ItemCollections (local and remote).

Documentation

CarthaGène is multi-population genetic/radiated hybrid mapping software. CarthaGene looks for multiple populations maximum likelihood consensus maps using a fast EM algorithm for maximum likelihood estimation and powerful ordering algorithms.

ViSEAGO: Easier data mining of biological functions organized into clusters using Gene Ontology and semantic similarity. Visualization, Semantic similarity and Enrichment Analysis of Gene Ontology.

Contribution à la réalisation du "pilote" INRAE, dans le cadre du programme européen GraspOS

Visualisation de données métagénomiques.

Notebook for the Deep learning formation

GraphstatsR est une application permettant le l'analyses de données de quantification métabolomiques prétraitées (MS, RMN). Elle permet la génération d'analyse descriptive (ACP), de représentations graphiques type boxplot avec tests statistiques associées, cela avec une interactivité permettant à l'utilisateur d'ajuster au mieux les analyses. Cette application peut traiter des données issues d'autres méthodes à condition de fournir des fichiers d'entrée au bon format. https://graphstatsr.sk8.inrae.fr