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https://mahendra-mariadassou.pages.mia.inra.fr/jc2bim2024/

dbeel integration

Connecteur entre dataverse et jupyterhub

Nextflow pipeline creating a Neo4j Ortho_KB database.

GraphstatsR est une application permettant le l'analyses de données de quantification métabolomiques prétraitées (MS, RMN). Elle permet la génération d'analyse descriptive (ACP), de représentations graphiques type boxplot avec tests statistiques associées, cela avec une interactivité permettant à l'utilisateur d'ajuster au mieux les analyses. Cette application peut traiter des données issues d'autres méthodes à condition de fournir des fichiers d'entrée au bon format. https://graphstatsr.sk8.inrae.fr

Galaxy wrappers for FROGS

Experimental data vizualization for FAANG.

X!TandemPipeline is a free software (GPL v3) that helps you to filter and group your peptide/protein identifications from MS/MS mass spectra.

Publication: J. Proteome Res. 2017, 16, 2, 494–503 -- https://doi.org/10.102

FROGS is a galaxy/CLI workflow designed to produce an OTUs count matrix from high depth sequencing amplicon data.

Structural Variation detection using SNiP genotyping data in R

Electron Desktop App For Bisulfite Sequencing Processing Software (BiSePS)

Présentation en ligne sur GitLab Pages inspiré par Formation INRAE PACA

job array allows managing list of jobs execution across sge and PBS scheduler system. each job is considered as an independent task. DAG management is also possible by defining constraints between job array