collect

modules/modules.nf

@@ -117,7 +117,11 @@ process OBSEXP_COLLECT {
 	script:
 	"""
 	echo -e "seqnames\\tstart\\tend\\twidth\\tC\\tG\\tCpG\\tObsExp" > "ObsExp_s${params.obsexp_shift}_w${params.obsexp_window}.txt"
-	find . -name "*.gz" | zcat >> "ObsExp_s${params.obsexp_shift}_w${params.obsexp_window}.txt"
+	files="$(find . -name '*.txt.gz')"
+	for i in \$files
+	do
+	zcat \$files >> "ObsExp_s${params.obsexp_shift}_w${params.obsexp_window}.txt"
+	done
 	gzip "ObsExp_s${params.obsexp_shift}_w${params.obsexp_window}.txt"
 	"""
 }