| ... | ... | @@ -7,13 +7,13 @@ Instructions pour Windows 10 |
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## Téléchargement de QuPath
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* Télécharger la version la plus récente de QuPath (actuellement 0.4.3) sur le site : https://qupath.github.io/
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* Cliquez ssur le bouton jaune "Download for Windoows". Un fichier .msi se télécharge.
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* Cliquer sur le bouton jaune "Download for Windows". Un fichier .msi se télécharge.
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**Note** : Vous trouverez à cette adresse un liste des problèmes éventuels que vous pouvez rencontrer et comment les régler : https://qupath.readthedocs.io/en/stable/docs/intro/installation.html
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**Note** : Vous trouverez à cette adresse une liste des problèmes éventuels que vous pouvez rencontrer et comment les régler : https://qupath.readthedocs.io/en/stable/docs/intro/installation.html
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## Installation de Qupath
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* Double cliquer sur le fichier .msi téléchargé.
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* Double clic sur le fichier QuPath-0.4.3-Windows.msi précédemment téléchargé.
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* Installer QuPath en suivant les indications (laissez les paramètres par défaut). Si vous passez par l’installateur QuPath s’installera dans C:\Users\VOTRE NOM D'UTILISATEUR\QuPath
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**Note** : Plusieurs version de QuPath peuvent cohabiter.
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## Téléchargement de l’extension StarDist pour QuPath
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* Vous trouverez le plugin à cette adresse : https://github.com/qupath/qupath-extension-stardist/releases
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* Télécharger le fichier "qupath-extension-stardist-0.4.0.jar" en cliquant sur le lien correspondant.
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* Télécharger le fichier <span style="color:Teal">qupath-extension-stardist-0.4.0.jar</span> en cliquant sur le lien correspondant.
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## Installation de l’extension
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| ... | ... | @@ -31,12 +31,62 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* Ouvrez QuPath
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* Une fois dans le logiciel : glissez-déposez l’extension "qupath-extension-stardist-0.4.0.jar" préalablement téléchargée.
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* Vous serez informé (en bas à droite du logiciel) que l’extension à bien été installée par le message "extension loaded".
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* Vous pouvez contrôler l’installation de l’extension via le menu Extensions. Un sous menu "Stardist" est apparu.
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* Vous pouvez contrôler l’installation de l’extension via le menu Extensions. Un sous-menu "StarDist" est apparu.
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# Téléchargement des modèles pré-entrainés de StarDist
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* Vous trouvez les 3 modèles pré-entrainés à cette adresse : https://github.com/qupath/models/tree/main/stardist#downloads
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* Téléchargez-les dans un dossier de votre choix sur votre ordinateur en cliquant sur les lien correspondant :
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* <font color='blue'>dsb2018_heavy_augment.pb</font>
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* <font color='blue'>dsb2018_paper.pb</font>
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* <font color='blue'>he_heavy_augment.pb</font> |
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* <span style="color:Teal">dsb2018_heavy_augment.pb</span>
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* <span style="color:Teal">dsb2018_paper.pb</span>
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* <span style="color:Teal">he_heavy_augment.pb</span>
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# Vérification de l'installation QuPath v0.4.3 et de son extension StarDist v0.4.0.
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* Ouvrir qupath
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* Créer un projet :
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* Créer un nouveau dossier avec l'explorateur windows.
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* dans qupath :
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* cliquer sur le bouton "Create projects".
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* sélectionner le nouveau dossier.
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* Ajouter une images au projet.
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* télécharger l'image : [Nuclei_DSB2018.tif]()
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* cliquer sur le bouton "Add images".
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* Une fenêtre "Import images to project" apparait :
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* Cliquer sur le bouton : "Choose files".
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* Aller chercher l'image : Nuclei_DSB2018.tif puis cliquer sur le bouton "ouvrir"
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* Le chemin apparait dans le fenêtre "Image paths"
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* Cliquer sur le bouton "Import"
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* L'image apparait dans la fenêtre "Image list".
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* Ouvrir l'image:
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* double clic sur l'image dans la fenêtre "Image list"
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* Une fenêtre "Set image Type" s'ouvre.
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* Choisir "Fluorescence" et cliquer sur "Apply".
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* Création d'un script groovy fonctionnel :
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* Ouvrir un script : Extensions --> StarDist --> StarDist fluorescence cell detection script.
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* Une fenêtre "Script Editor" s'ouvre
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* Modifier la ligne 22 :
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* modelPath = chemin du modèle StarDist : dsb2018_heavy_augment.pb.
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* **Attention** au sens des slashs bien respecter le sens.
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* Exemple :
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```
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modelPath = "C:/Users/mcblache/Documents/models/stardist/dsb2018_heavy_augment.pb
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```
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* Modifier la ligne channels :
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* Remplacer 'DAPI' par 'Channel 1'.
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```
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.channels('Channel 1')
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```
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* Réalisation d'une petite annotation :
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* Choisir l'outil : rectangle
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* Dessiner un petit carré sur l'image
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* le carré doit être jaune (selectionné)
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* Exécuter le script groovy :
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* Dans la fenêtre "Script Editor", Run --> Run
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* des ronds autour des noyaux doivent apparaitre.
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