... | ... | @@ -32,7 +32,7 @@ s’ouvre. |
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l’application que les nouveaux plugins sont pris en compte.
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* Vérifier dans le menu la présence : **Plugins → StarDist**
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## Vérification l'installation de Fiji et du plugin StarDist
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## Vérification des installations sous Fiji pour utiliser le plugin StarDist
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... | ... | @@ -50,7 +50,7 @@ l’application que les nouveaux plugins sont pris en compte. |
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* Double clic sur le fichier QuPath-0.4.3-Windows.msi précédemment téléchargé.
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* Installer QuPath en suivant les indications (laissez les paramètres par défaut). Si vous passez par l’installateur QuPath s’installera dans C:\Users\VOTRE NOM D'UTILISATEUR\QuPath
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**Note** : Plusieurs version de QuPath peuvent cohabiter.
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**Note** : Plusieurs versions de QuPath peuvent cohabiter sur votre ordinateur.
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## Téléchargement de l’extension StarDist pour QuPath
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... | ... | @@ -62,24 +62,24 @@ l’application que les nouveaux plugins sont pris en compte. |
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Pour installer le plugin StarDist dans QuPath :
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* Ouvrez QuPath
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* Une fois dans le logiciel : glissez-déposez l’extension "qupath-extension-stardist-0.4.0.jar" préalablement téléchargée.
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* Vous serez informé (en bas à droite du logiciel) que l’extension à bien été installée par le message "extension loaded".
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* Vous serez informé (en bas à droite sur QuPath) que l’extension à bien été installée par le message "extension loaded".
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* Vous pouvez contrôler l’installation de l’extension via le menu Extensions. Un sous-menu "StarDist" est apparu.
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## Téléchargement des modèles pré-entrainés de StarDist
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* Vous trouvez les 3 modèles pré-entrainés à cette adresse : https://github.com/qupath/models/tree/main/stardist#downloads
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* Téléchargez-les dans un dossier de votre choix sur votre ordinateur en cliquant sur les lien correspondant :
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* Téléchargez-les dans un dossier de votre choix sur votre ordinateur en cliquant sur les liens correspondant :
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* <span style="color:#008080">dsb2018_heavy_augment.pb</span>
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* <span style="color:#008080">dsb2018_paper.pb</span>
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* <span style="color:#008080">he_heavy_augment.pb</span>
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## Vérification l'installation QuPath v0.4.3 et de son extension StarDist v0.4.0.
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## Vérification des installations sous QuPath v0.4.3 pour utiliser l'extension StarDist v0.4.0.
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* Ouvrir Qupath
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* Créer un projet :
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* Créer un nouveau dossier avec l'explorateur windows.
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* dans qupath :
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* cliquer sur le bouton "Create projects".
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* dans Qupath :
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* cliquer sur le bouton "Create project".
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* Sélectionner le nouveau dossier.
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* Ajouter une images au projet.
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* télécharger l'image : [Nuclei_DSB2018.tif](https://forgemia.inra.fr/gt-maiia/mifobio_stardist/-/blob/main/images/Nuclei_DSB2018.tif)
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... | ... | @@ -113,11 +113,11 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* Réalisation d'une petite annotation :
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* Choisir l'outil : rectangle <img src="./illustration/outilrectangle.png" width="30" height="30">
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* Dessiner un petit carré sur l'image
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* Dessiner un petit carré sur l'image englobant des objets à segmenter
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* Le carré doit être jaune (selectionné)
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* Exécuter le script groovy :
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* Dans la fenêtre "Script Editor", Run → Run
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* Des ronds autour des noyaux doivent apparaitre.
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* Des sélections autour des noyaux doivent apparaître sur l'image.
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