| ... | ... | @@ -7,9 +7,9 @@ Instructions pour Windows 10 |
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# Fiji
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## Installation de Fiji
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## Installation de FIJI
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[Protocole d'installation de Fiji - cliquer ici](https://forgemia.inra.fr/gt-maiia/kit-du-debutant/-/wikis/Pr%C3%A9requis#fiji-ou-imagej)
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[Protocole d'installation de FIJI - cliquer ici](https://forgemia.inra.fr/gt-maiia/kit-du-debutant/-/wikis/Pr%C3%A9requis#fiji-ou-imagej)
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## Installation du plugin StarDist
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| ... | ... | @@ -18,7 +18,7 @@ Le plugin "StarDist" permet de segmenter les cellules et s’appuie sur un |
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modèle de Deep Learning. Pour plus d’informations :
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https://imagej.net/plugins/stardist
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* Ouvrir Fiji
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* Ouvrir FIJI
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* Ouvrir la fenêtre "ImageJ Updater" permettant de faire les mises à jour : **Help →
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Update...**.
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* Cliquer sur le bouton "Manage Update sites", une fenêtre "Manage Update sites"
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| ... | ... | @@ -28,18 +28,18 @@ s’ouvre. |
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"ImageJ Update", de nouvelles lignes sont apparues.
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* Cliquer sur "Apply changes". Une fenêtre "information" s’ouvre. Cliquer sur
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"OK".
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* Fermer et redémarrer Fiji. Cette dernière étape est nécessaire car c’est à l’ouverture de
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* Fermer et redémarrer FIJI. Cette dernière étape est nécessaire car c’est à l’ouverture de
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l’application que les nouveaux plugins sont pris en compte.
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* Vérifier dans le menu la présence : **Plugins → StarDist**
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**Note**: certains utilisateurs peuvent rencontrer un message d'erreur lors de l'utilisation de StarDist. Si c'est le cas, merci de sélectionner la **version 1.13** de Tensorflow dans **Edit → Options → tensorflow** et redémarrer Fiji.
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**Note**: certains utilisateurs peuvent rencontrer un message d'erreur lors de l'utilisation de StarDist. Si c'est le cas, merci de sélectionner la **version 1.13** de Tensorflow dans **Edit → Options → tensorflow** et redémarrer FIJI.
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## Installation du plugin Mask Instant Comparator (MiC)
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Le plugin "MiC" est un plugin disponible sous Fiji pour comparer des masques de segmentation et extraire des mesures quantitatives afin de sélectionner la meilleure approche de segmentation. Pour plus d’informations :
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https://github.com/MultimodalImagingCenter/MiC
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* Ouvrir Fiji
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* Ouvrir FIJI
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* Ouvrir la fenêtre "ImageJ Updater" permettant de faire les mises à jour : **Help →
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Update...**.
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* Cliquer sur le bouton "Manage Update sites", une nouvelle fenêtre "Manage Update sites"
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| ... | ... | @@ -49,15 +49,16 @@ s’ouvre. |
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"ImageJ Update", de nouvelles lignes sont apparues.
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* Cliquer sur "Apply changes". Une fenêtre "information" s’ouvre. Cliquer sur
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"OK".
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* Fermer et redémarrer Fiji. Cette dernière étape est nécessaire car c’est à l’ouverture de
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* Fermer et redémarrer FIJI. Cette dernière étape est nécessaire car c’est à l’ouverture de
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l’application que les nouveaux plugins sont pris en compte.
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* Vérifier dans le menu la présence : **Plugins → MiC → Mask instant Comparator**
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## Vérification des installations sous Fiji pour utiliser le plugin StarDist
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* Ouvrir Fiji
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* Ouvrir FIJI
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* Télécharger l'image : [Nuclei_DSB2018.tif](https://forgemia.inra.fr/gt-maiia/mifobio_stardist/-/blob/main/images/Nuclei_DSB2018.tif)
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* Ouvrir l'image dans Fiji: **File → Open** ou Glisser-Déposer l'image dans l'interface Fiji
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* Ouvrir l'image dans FIJI : **File → Open** ou Glisser-Déposer l'image dans l'interface FIJI
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* Lancer le plugin StarDist : **Plugins → StarDist → StarDist 2D**
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* Choisir les paramètres par défaut sur l'interface et sélectionner output Type: Both (affichage des régions d'intérêts et création d'une image avec les labels détectés)
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* Appuyer sur le bouton "Ok" pour démarrer la segmentation des noyaux avec StarDist sur l'image
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| ... | ... | @@ -129,15 +130,9 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* modelPath = chemin du modèle StarDist : dsb2018_heavy_augment.pb.
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* **Attention:** veuillez respecter le sens des slashs!
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* Exemple :
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modelPath = "C:/Users/mcblache/Documents/models/stardist/dsb2018_heavy_augment.pb
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```
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`modelPath = "C:/Users/mcblache/Documents/models/stardist/dsb2018_heavy_augment.pb`
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* Modifier la ligne 28 :
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* Remplacer 'DAPI' par 'Channel 1'.
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```
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.channels('Channel 1')
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```
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* Remplacer 'DAPI' par 'Channel 1' : `.channels('Channel 1')`
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* Réalisation d'une petite annotation :
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* Choisir l'outil : rectangle <img src="./illustration/outilrectangle.png" width="30" height="30">
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