... | ... | @@ -72,7 +72,8 @@ l’application que les nouveaux plugins sont pris en compte. |
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* Télécharger la version la plus récente de QuPath (actuellement 0.4.4) sur le site : https://qupath.github.io/
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* Cliquer sur le bouton jaune "Download for Windows". Un fichier .msi se télécharge.
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**Note** : Vous trouverez à cette adresse une liste des problèmes éventuels que vous pouvez rencontrer et comment les régler : https://qupath.readthedocs.io/en/stable/docs/intro/installation.html
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**Note** : Vous trouverez à cette adresse une liste des problèmes éventuels que vous pouvez rencontrer et comment les régler : https://qupath.readthedocs.io/en/stable/docs/intro/installation.html.
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## Installation de Qupath
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... | ... | @@ -81,6 +82,8 @@ l’application que les nouveaux plugins sont pris en compte. |
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**Note** : Plusieurs versions de QuPath peuvent cohabiter sur votre ordinateur.
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**Note** : si vous n'avez pas les droits adminstrateur vous pouvez aussi télècharger le fichier ".zip". Il vous suffira de dézipper le fichier et de le coller sur le bureau pour installer l'application.
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## Téléchargement de l’extension StarDist pour QuPath
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* Vous trouverez le plugin à cette adresse : https://github.com/qupath/qupath-extension-stardist/releases
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... | ... | @@ -133,7 +136,7 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* Changer `.channels('DAPI)` par `.channels('Channel 1')`
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* Réalisation d'une annotation : **Objects → Annotations → Create full image annotation**
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* Exécuter le script groovy :
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* Dans la fenêtre "Script Editor", cliquer sur le bouton <img src="./illustration/run.png" width="40">.
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* Dans la fenêtre "Script Editor", cliquer sur le bouton <img src="./illustration/run.png" width="50"> .
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* Des detections rouges autour des noyaux doivent apparaître sur l'image.
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