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version de Mai 2023
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version de mai 2023
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Instructions pour Windows 10
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[[_TOC_]]
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# Installation de QuPath (v0.4.3)
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## Téléchargement de QuPath
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| ... | ... | @@ -43,15 +45,15 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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# Vérification l'installation QuPath v0.4.3 et de son extension StarDist v0.4.0.
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* Ouvrir qupath
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* Ouvrir Qupath
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* Créer un projet :
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* Créer un nouveau dossier avec l'explorateur windows.
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* dans qupath :
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* cliquer sur le bouton "Create projects".
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* sélectionner le nouveau dossier.
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* Sélectionner le nouveau dossier.
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* Ajouter une images au projet.
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* télécharger l'image : [Nuclei_DSB2018.tif](https://forgemia.inra.fr/gt-maiia/mifobio_stardist/-/blob/main/images/Nuclei_DSB2018.tif)
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* cliquer sur le bouton "Add images".
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* Cliquer sur le bouton "Add images".
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* Une fenêtre "Import images to project" apparait :
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* Cliquer sur le bouton : "Choose files".
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* Aller chercher l'image : Nuclei_DSB2018.tif puis cliquer sur le bouton "ouvrir"
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| ... | ... | @@ -59,7 +61,7 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* Cliquer sur le bouton "Import"
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* L'image apparait dans la fenêtre "Image list".
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* Ouvrir l'image:
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* double clic sur l'image dans la fenêtre "Image list"
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* Double clic sur l'image dans la fenêtre "Image list"
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* Une fenêtre "Set image Type" s'ouvre.
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* Choisir "Fluorescence" et cliquer sur "Apply".
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* Création d'un script groovy fonctionnel :
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| ... | ... | @@ -80,12 +82,12 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* Réalisation d'une petite annotation :
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* Choisir l'outil : rectangle <img src="./illustration/outilrectangle.png" width="20" height="20">
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* Choisir l'outil : rectangle <img src="./illustration/outilrectangle.png" width="30" height="30">
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* Dessiner un petit carré sur l'image
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* le carré doit être jaune (selectionné)
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* Le carré doit être jaune (selectionné)
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* Exécuter le script groovy :
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* Dans la fenêtre "Script Editor", Run → Run
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* des ronds autour des noyaux doivent apparaitre.
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* Des ronds autour des noyaux doivent apparaitre.
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