| ... | ... | @@ -4,7 +4,39 @@ Instructions pour Windows 10 |
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[[_TOC_]]
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# Installation de QuPath (v0.4.3)
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# FIJI
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## Installation de FIJI
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[Protocole d'installation de FIJI - cliquer ici](https://forgemia.inra.fr/gt-maiia/kit-du-debutant/-/wikis/Pr%C3%A9requis#fiji-ou-imagej)
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## Installation du plugin StarDist
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Le plugin "StarDist" permet de segmenter les cellules et s’appuie sur un
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modèle de Deep Learning. Pour plus d’informations :
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https://imagej.net/plugins/stardist
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* Ouvrir FIJI
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* Ouvrir la fenêtre "ImageJ Updater" permettant de faire les mises à jour : **Help →
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Update...**.
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* Cliquer sur le bouton "Manage Update sites", une fenêtre "Manage Update sites"
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s’ouvre.
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* Cocher les cases "CSBDeep" and "StarDist".
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* Cliquer sur "Close". La fenêtre "Manage Update sites" se ferme. Dans la fenêtre
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"ImageJ Update", de nouvelles lignes sont apparues.
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* Cliquer sur "Apply changes". Une fenêtre "information" s’ouvre. Cliquer sur
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"OK".
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* Fermer et ouvrir FIJI. Cette dernière étape est nécessaire car c’est à l’ouverture de
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l’application que les nouveaux plugins sont pris en compte.
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* Vérifier dans le menu la présence : **Plugins → StarDist**
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## Vérification l'installation FIJI et du plugin StarDist
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# QuPath (v0.4.3)
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## Téléchargement de QuPath
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**Note** : Plusieurs version de QuPath peuvent cohabiter.
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# Installation de l’extension StarDist (v0.4.0)
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## Téléchargement de l’extension StarDist pour QuPath
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* Vous trouverez le plugin à cette adresse : https://github.com/qupath/qupath-extension-stardist/releases
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* Vous serez informé (en bas à droite du logiciel) que l’extension à bien été installée par le message "extension loaded".
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* Vous pouvez contrôler l’installation de l’extension via le menu Extensions. Un sous-menu "StarDist" est apparu.
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# Téléchargement des modèles pré-entrainés de StarDist
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## Téléchargement des modèles pré-entrainés de StarDist
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* Vous trouvez les 3 modèles pré-entrainés à cette adresse : https://github.com/qupath/models/tree/main/stardist#downloads
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* Téléchargez-les dans un dossier de votre choix sur votre ordinateur en cliquant sur les lien correspondant :
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* <span style="color:#008080">dsb2018_paper.pb</span>
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* <span style="color:#008080">he_heavy_augment.pb</span>
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# Vérification l'installation QuPath v0.4.3 et de son extension StarDist v0.4.0.
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## Vérification l'installation QuPath v0.4.3 et de son extension StarDist v0.4.0.
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* Ouvrir Qupath
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* Créer un projet :
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