| ... | ... | @@ -5,7 +5,7 @@ Instructions pour Windows 10 |
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[[_TOC_]]
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# Fiji
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# FIJI
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## Installation de FIJI
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| ... | ... | @@ -21,10 +21,10 @@ https://imagej.net/plugins/stardist |
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* Ouvrir FIJI
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* Ouvrir la fenêtre "ImageJ Updater" permettant de faire les mises à jour : **Help →
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Update...**.
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* Cliquer sur le bouton "Manage Update sites", une fenêtre "Manage Update sites"
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* Cliquer sur le bouton "Manage Update Sites", une fenêtre "Manage Update Sites"
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s’ouvre.
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* Cocher les cases "CSBDeep" and "StarDist".
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* Cliquer sur "Close". La fenêtre "Manage Update sites" se ferme. Dans la fenêtre
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* Cliquer sur "Close". La fenêtre "Manage Update Sites" se ferme. Dans la fenêtre
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"ImageJ Update", de nouvelles lignes sont apparues.
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* Cliquer sur "Apply changes". Une fenêtre "information" s’ouvre. Cliquer sur
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"OK".
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| ... | ... | @@ -42,10 +42,10 @@ https://github.com/MultimodalImagingCenter/MiC |
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* Ouvrir FIJI
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* Ouvrir la fenêtre "ImageJ Updater" permettant de faire les mises à jour : **Help →
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Update...**.
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* Cliquer sur le bouton "Manage Update sites", une nouvelle fenêtre "Manage Update sites"
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* Cliquer sur le bouton "Manage Update Sites", une nouvelle fenêtre "Manage Update Sites"
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s’ouvre.
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* Cocher la case "MiC mask comparator".
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* Cliquer sur "Close". La fenêtre "Manage Update sites" se ferme. Dans la fenêtre
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* Cliquer sur "Close". La fenêtre "Manage Update Sites" se ferme. Dans la fenêtre
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"ImageJ Update", de nouvelles lignes sont apparues.
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* Cliquer sur "Apply changes". Une fenêtre "information" s’ouvre. Cliquer sur
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"OK".
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| ... | ... | @@ -124,23 +124,18 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* Une fenêtre "Set image Type" s'ouvre.
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* Choisir "Fluorescence" et cliquer sur "Apply".
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* Création d'un script groovy fonctionnel :
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* Ouvrir un script : Extensions → StarDist → StarDist fluorescence cell detection script.
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* Ouvrir un script : **Extensions → StarDist → StarDist fluorescence cell detection script**.
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* Une fenêtre "Script Editor" s'ouvre
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* Modifier la ligne 22 :
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* Modifier l :
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* modelPath = chemin du modèle StarDist : dsb2018_heavy_augment.pb.
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* **Attention:** veuillez respecter le sens des slashs!
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* Exemple :
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`modelPath = "C:/Users/mcblache/Documents/models/stardist/dsb2018_heavy_augment.pb`
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* Modifier la ligne 28 :
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* Remplacer 'DAPI' par 'Channel 1' : `.channels('Channel 1')`
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* Réalisation d'une petite annotation :
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* Choisir l'outil : rectangle <img src="./illustration/outilrectangle.png" width="30" height="30">
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* Dessiner un petit carré sur l'image englobant des objets à segmenter
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* Assurez-vous de sélectionner le carré précédemment tracé (les contours du carré doivent apparaître en jaune)
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**Attention:** veuillez respecter le sens des slashs!
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Exemple : `modelPath = "C:/Users/mcblache/Documents/models/stardist/dsb2018_heavy_augment`.
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* Changer `.channels('DAPI)` par `.channels('Channel 1')`
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* Réalisation d'une annotation : **Objects → Annotations → Create full image annotation**
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* Exécuter le script groovy :
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* Dans la fenêtre "Script Editor", Run → Run
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* Des sélections autour des noyaux doivent apparaître sur l'image.
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* Dans la fenêtre "Script Editor", cliquer sur le bouton <img src="./illustration/run.png" width="40">.
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* Des detections rouges autour des noyaux doivent apparaître sur l'image.
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