... | ... | @@ -32,7 +32,7 @@ s’ouvre. |
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l’application que les nouveaux plugins sont pris en compte.
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* Vérifier dans le menu la présence : **Plugins → StarDist**
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**Note**: certains utilisateurs MacOS peuvent rencontrer un message d'erreur lors de l'utilisation de StarDist. Si c'est le cas, merci de sélectionner la **version 1.13** de Tensorflow dans **Edit → Options → tensorflow** et redémarrer Fiji.
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**Note**: certains utilisateurs peuvent rencontrer un message d'erreur lors de l'utilisation de StarDist. Si c'est le cas, merci de sélectionner la **version 1.13** de Tensorflow dans **Edit → Options → tensorflow** et redémarrer Fiji.
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## Installation du plugin Mask Instant Comparator (MiC)
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... | ... | @@ -54,8 +54,8 @@ l’application que les nouveaux plugins sont pris en compte. |
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* Vérifier dans le menu la présence : **Plugins → MiC → Mask instant Comparator**
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## Vérification des installations sous FIJI pour utiliser le plugin StarDist
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* Ouvrir FIJI
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## Vérification des installations sous Fiji pour utiliser le plugin StarDist
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* Ouvrir Fiji
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* Télécharger l'image : [Nuclei_DSB2018.tif](https://forgemia.inra.fr/gt-maiia/mifobio_stardist/-/blob/main/images/Nuclei_DSB2018.tif)
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* Ouvrir l'image dans Fiji: **File → Open** ou Glisser-Déposer l'image dans l'interface Fiji
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* Lancer le plugin StarDist: **Plugins → StarDist → StarDist 2D**
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... | ... | @@ -68,14 +68,14 @@ l’application que les nouveaux plugins sont pris en compte. |
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## Téléchargement de QuPath
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* Télécharger la version la plus récente de QuPath (actuellement 0.4.3) sur le site : https://qupath.github.io/
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* Télécharger la version la plus récente de QuPath (actuellement 0.4.4) sur le site : https://qupath.github.io/
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* Cliquer sur le bouton jaune "Download for Windows". Un fichier .msi se télécharge.
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**Note** : Vous trouverez à cette adresse une liste des problèmes éventuels que vous pouvez rencontrer et comment les régler : https://qupath.readthedocs.io/en/stable/docs/intro/installation.html
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## Installation de Qupath
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* Double clic sur le fichier QuPath-0.4.3-Windows.msi précédemment téléchargé.
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* Double clic sur le fichier QuPath-0.4.4-Windows.msi précédemment téléchargé.
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* Installer QuPath en suivant les indications (laissez les paramètres par défaut). Si vous passez par l’installateur QuPath s’installera dans C:\Users\VOTRE NOM D'UTILISATEUR\QuPath
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**Note** : Plusieurs versions de QuPath peuvent cohabiter sur votre ordinateur.
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... | ... | @@ -101,7 +101,7 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* <span style="color:#008080">dsb2018_paper.pb</span>
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* <span style="color:#008080">he_heavy_augment.pb</span>
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## Vérification des installations sous QuPath v0.4.3 pour utiliser l'extension StarDist v0.4.0.
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## Vérification des installations sous QuPath v0.4.4 pour utiliser l'extension StarDist v0.4.0.
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* Ouvrir Qupath
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* Créer un projet :
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... | ... | @@ -109,13 +109,13 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* dans Qupath :
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* cliquer sur le bouton "Create project".
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* Sélectionner le nouveau dossier.
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* Ajouter une images au projet.
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* Ajouter une image au projet:
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* télécharger l'image : [Nuclei_DSB2018.tif](https://forgemia.inra.fr/gt-maiia/mifobio_stardist/-/blob/main/images/Nuclei_DSB2018.tif)
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* Cliquer sur le bouton "Add images".
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* Une fenêtre "Import images to project" apparait :
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* Cliquer sur le bouton : "Choose files".
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* Aller chercher l'image : Nuclei_DSB2018.tif puis cliquer sur le bouton "ouvrir"
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* Le chemin apparait dans le fenêtre "Image paths"
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* Aller chercher l'image : Nuclei_DSB2018.tif puis cliquer sur le bouton "open/ouvrir"
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* Le chemin apparait dans la fenêtre "Image paths"
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* Cliquer sur le bouton "Import"
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* L'image apparait dans la fenêtre "Image list".
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* Ouvrir l'image:
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... | ... | @@ -127,7 +127,7 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* Une fenêtre "Script Editor" s'ouvre
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* Modifier la ligne 22 :
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* modelPath = chemin du modèle StarDist : dsb2018_heavy_augment.pb.
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* **Attention** au sens des slashs bien respecter le sens.
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* **Attention:** veuillez respecter le sens des slashs!
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* Exemple :
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```
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modelPath = "C:/Users/mcblache/Documents/models/stardist/dsb2018_heavy_augment.pb
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