Skip to content

optim protocole annotation [GMAP]

gmap des transcript identification des loci (comme c'est fait) pour chaque loci extraire la CDS prédite par gmap pour 1) entrainer les IMM 2) construire la banque de protéine de l'espèce rajout d'une banque de protéine "protected" si le transcriptome est exhaustif cela devrait suffire

on pourrait ainsi virer le blastx de l'entrainement et limiter les temps de calcul du bx et cela devrait améliorer les prédictions de familles de proteines de l'espèce