... | @@ -37,11 +37,11 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
... | @@ -37,11 +37,11 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* Vous trouvez les 3 modèles pré-entrainés à cette adresse : https://github.com/qupath/models/tree/main/stardist#downloads
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* Vous trouvez les 3 modèles pré-entrainés à cette adresse : https://github.com/qupath/models/tree/main/stardist#downloads
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* Téléchargez-les dans un dossier de votre choix sur votre ordinateur en cliquant sur les lien correspondant :
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* Téléchargez-les dans un dossier de votre choix sur votre ordinateur en cliquant sur les lien correspondant :
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* <span style="color:Teal">dsb2018_heavy_augment.pb</span>
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* <span style="color:#008080">dsb2018_heavy_augment.pb</span>
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* <span style="color:Teal">dsb2018_paper.pb</span>
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* <span style="color:#008080">dsb2018_paper.pb</span>
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* <span style="color:Teal">he_heavy_augment.pb</span>
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* <span style="color:#008080">he_heavy_augment.pb</span>
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# Vérification de l'installation QuPath v0.4.3 et de son extension StarDist v0.4.0.
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# Vérification l'installation QuPath v0.4.3 et de son extension StarDist v0.4.0.
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* Ouvrir qupath
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* Ouvrir qupath
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* Créer un projet :
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* Créer un projet :
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... | @@ -50,7 +50,7 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* cliquer sur le bouton "Create projects".
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* cliquer sur le bouton "Create projects".
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* sélectionner le nouveau dossier.
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* sélectionner le nouveau dossier.
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* Ajouter une images au projet.
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* Ajouter une images au projet.
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* télécharger l'image : [Nuclei_DSB2018.tif]()
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* télécharger l'image : [Nuclei_DSB2018.tif](https://forgemia.inra.fr/gt-maiia/mifobio_stardist/-/blob/main/images/Nuclei_DSB2018.tif)
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* cliquer sur le bouton "Add images".
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* cliquer sur le bouton "Add images".
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* Une fenêtre "Import images to project" apparait :
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* Une fenêtre "Import images to project" apparait :
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* Cliquer sur le bouton : "Choose files".
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* Cliquer sur le bouton : "Choose files".
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... | @@ -63,7 +63,7 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
... | @@ -63,7 +63,7 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* Une fenêtre "Set image Type" s'ouvre.
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* Une fenêtre "Set image Type" s'ouvre.
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* Choisir "Fluorescence" et cliquer sur "Apply".
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* Choisir "Fluorescence" et cliquer sur "Apply".
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* Création d'un script groovy fonctionnel :
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* Création d'un script groovy fonctionnel :
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* Ouvrir un script : Extensions --> StarDist --> StarDist fluorescence cell detection script.
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* Ouvrir un script : Extensions → StarDist → StarDist fluorescence cell detection script.
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* Une fenêtre "Script Editor" s'ouvre
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* Une fenêtre "Script Editor" s'ouvre
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* Modifier la ligne 22 :
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* Modifier la ligne 22 :
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* modelPath = chemin du modèle StarDist : dsb2018_heavy_augment.pb.
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* modelPath = chemin du modèle StarDist : dsb2018_heavy_augment.pb.
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... | @@ -80,11 +80,11 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
... | @@ -80,11 +80,11 @@ Pour installer le plugin StarDist dans QuPath : |
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* Réalisation d'une petite annotation :
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* Réalisation d'une petite annotation :
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* Choisir l'outil : rectangle
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* Choisir l'outil : rectangle <img src="./illustration/outilrectangle.png" width="20" height="20">
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* Dessiner un petit carré sur l'image
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* Dessiner un petit carré sur l'image
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* le carré doit être jaune (selectionné)
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* le carré doit être jaune (selectionné)
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* Exécuter le script groovy :
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* Exécuter le script groovy :
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* Dans la fenêtre "Script Editor", Run --> Run
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* Dans la fenêtre "Script Editor", Run → Run
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* des ronds autour des noyaux doivent apparaitre.
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* des ronds autour des noyaux doivent apparaitre.
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