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cohérence des noms de paramètres banques (db et bank)

Suggestion de conserver la même nommenclature pour tous les noms de paramètres similaires.

En l'occurrence pour les path vers les banques on a :

  • kaiju_db, kaiju_db_dir & eggnog_mapper_db
  • diamond_bank checkm2_bank gtdbtk_bank mash_bank
  • taxdump & accession2taxid

Peut être pourrait-on homogénéiser ?

Par ailleurs a t on vraiment besoins de 2 paramètres kaiju (#281) ?

Edited by Maria Bernard