Add a section in the README to describe more precisely the inputs of the build_ref_db() and import_multiple_samples() functions

Il s'agit d'expliciter un peu plus comment l'on exploite les sorties de F3M Builder pour créer un objet F3MR. Mail de Bastien Renard:

J'ai réussi à créer la matrice de comptage et à faire quelques essais sur les différents niveaux d'agrégation, ça me paraît très simple à manipuler pour l'instant.
En revanche j'ai du modifier le fichiers gtdb_specI pour ajouter les colonnes full_lineage et gtdb_release car la commande build_ref_db() est assez rigide à ce niveau.
De plus, je sais que le package R est plus développé par Julien (il est toujours en copie de mail) mais comme pour les workflows .smk je pense qu'il serait bien de préciser les fichiers précis avec les répertoires associés à ajouter en tant que path pour l'initialisation de la BDD dans R et les comptages.

Je vais aller plus dans le détail de l'analyse de mes résultats maintenant, la partie prise en main et lancement du workflow est terminée. Place à l'exploitation.

a+
Bastien